import java.util.Iterator;
import java.util.NoSuchElementException;
import java.util.Arrays;

/** 
MonBrin code un brin d'ADN sous forme de tableaux. Dynamiquement, la taille du tableau est augmentée en cas de besoin (la taille est initialement 3*4 elle est multipliée ensuite pour être toujours de la forme 3*2^n). 
On utilise System.arraycopy et java.util.Arrays.copyOfRange pour faire ça efficacement.
voir 
https://docs.oracle.com/javase/8/docs/api/java/lang/System.html#arraycopy-java.lang.Object-int-java.lang.Object-int-int-
https://docs.oracle.com/javase/8/docs/api/java/util/Arrays.html#copyOfRange-T:A-int-int-

Cette version est correcte : la structuration et la navigation sont dans 2 classes séparées.
La classe MonBrin implémente Iterable au sens où elle peut générer à la demande un objet Iterator.

NB : Notez que j'implémente Iterable<Base> plutôt que Iterable qui n'était pas tout à fait propre
c'est un peu technique et c'est lié aux types génériques.
 Il y a des détails ici 
https://stackoverflow.com/questions/20790770/why-cant-i-assign-a-raw-type-to-a-parameterized-type-java?rq=1
*/

public class MonBrin implements Iterable<Base> {
    private Base[] bases;       // Tableau pour stocker les bases
    private int length;         // Nombre d'éléments dans le tableau
    private int currentIndex;   // Indice actuel pour la navigation

    private static final int INITIAL_CAPACITY = 12;  // Capacité initiale

    // Constructeur pour initialiser le brin avec une seule base
    public MonBrin(Base b) {
        this.bases = new Base[INITIAL_CAPACITY];
        this.bases[0] = b;
        this.length = 1;
        this.currentIndex = 0; // Initialiser l'indice de navigation
    }

    // Constructeur pour ajouter une base devant un autre brin
    public MonBrin(Base b, MonBrin l) {
        this.bases = Arrays.copyOf(l.getBases(), l.capacity());
        this.bases[0] = b;
        this.length = l.length + 1;
        this.currentIndex = 0; // Initialiser l'indice de navigation
    }

    // Méthode pour garantir que le tableau a suffisamment d'espace
    private void ensureCapacity() {
        if (length >= bases.length) {
            bases = Arrays.copyOf(bases, bases.length * 2); // Double la capacité
        }
    }

    // Méthode pour ajouter une base
    public void addBase(Base b) {
        ensureCapacity(); // Vérifie que le tableau a assez de place
        bases[length] = b; // Ajoute la nouvelle base
        length++;
    }

    // Retourne la base à un index donné
    public Base getBase(int i) {
        if (i < 0 || i >= length) {
            throw new IndexOutOfBoundsException("Index hors limites");
        }
        return bases[i];
    }

    // Retourne toutes les bases sous forme de tableau
    public Base[] getBases() {
        return Arrays.copyOf(bases, length);
    }

    // Retourne la capacité actuelle
    public int capacity() {
        return bases.length;
    }

    // Retourne la longueur actuelle (le nombre de bases)
    public int length() {
        return length;
    }

    // Retourne la limite (identique à length ici)
    public int limit() {
        return length;
    }

    // Réinitialise l'indice de navigation (permet de refaire un parcours)
    public void reset() {
        this.currentIndex = 0;
    }

    // Méthode pour obtenir un itérateur sur les bases
    @Override
    public Iterator<Base> iterator() {
        return new MonBrinIterator(this);
    }

    @Override
    public String toString() {
        StringBuilder sb = new StringBuilder();
        // Parcours des bases jusqu'à la longueur réelle (pas la capacité)
        for (int i = 0; i < length; i++) {
            sb.append(bases[i]).append(" ");
        }
        return sb.toString().trim();
    }
}