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15 Decembre

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Adrian POURCHOT
2023-12-15 12:28:32 +01:00
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4
DEV3.4/TP4/stub/3IteratorDifferentInnerStructure/Base.java Normal file
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@@ -0,0 +1,4 @@
// juste un type énuméré pour nommer les bases
public enum Base {
A,C,G,T
}

58
DEV3.4/TP4/stub/3IteratorDifferentInnerStructure/Exemple.java Normal file
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@@ -0,0 +1,58 @@
// Fichier Exemple pour le dernier exercice sur l'ADN (Iterable)
public class Exemple{
public static void main(String[] args) {
// codon GCT code l'analine https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_codon_table
// codon CAT code Histidine
// codon CGT code Arginine
// codon GCC code Analine
// stop codon TAG, voir https://en.wikipedia.org/wiki/Stop_codon
System.out.println("construction du brin CGT CAT CGT GCC CAT GCT TAG");
MonBrin l = new MonBrin(Base.G);
l = new MonBrin(Base.A,l);
l = new MonBrin(Base.T,l);
//
l = new MonBrin(Base.T,l);
l = new MonBrin(Base.C,l);
l = new MonBrin(Base.G,l);
//
l = new MonBrin(Base.T,l);
l = new MonBrin(Base.A,l);
l = new MonBrin(Base.C,l);
//
l = new MonBrin(Base.C,l);
l = new MonBrin(Base.C,l);
l = new MonBrin(Base.G,l);
//
l = new MonBrin(Base.T,l);
l = new MonBrin(Base.G,l);
l = new MonBrin(Base.C,l);
//
l = new MonBrin(Base.T,l);
l = new MonBrin(Base.A,l);
l = new MonBrin(Base.C,l);
//
l = new MonBrin(Base.T,l);
l = new MonBrin(Base.G,l);
l = new MonBrin(Base.C,l);
//
System.out.println("l'affichage par défaut ne va toujours pas vous plaire");
System.out.println(l.toString());
System.out.println("On peut afficher en itérant avec forEach (une méthode proposée par Iterable, regardez la doc)");
l.forEach(b -> System.out.println(b));
System.out.println("On a découplé la navigation de la structuration en implémentant iterable plutôt que iterator. On peut maintenant naviguer 2 fois facilement, c'est vraiment trop fort.");
l.forEach(b -> System.out.println(b));
System.out.println("On peut même utiliser les boucles avancées de Java 8 et notre code en devient presque pythonesque");
for(Base b: l){
System.out.println(b);
}
}
}

83
DEV3.4/TP4/stub/3IteratorDifferentInnerStructure/MonBrin.java Normal file
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@@ -0,0 +1,83 @@
import java.util.Iterator;
import java.util.NoSuchElementException;
/**
MonBrin code un brin d'ADN sous forme de tableaux. Dynamiquement, la taille du tableau est augmentée en cas de besoin (la taille est initialement 3*4 elle est multipliée ensuite pour être toujours de la forme 3*2^n).
On utilise System.arraycopy et java.util.Arrays.copyOfRange pour faire ça efficacement.
voir
https://docs.oracle.com/javase/8/docs/api/java/lang/System.html#arraycopy-java.lang.Object-int-java.lang.Object-int-int-
https://docs.oracle.com/javase/8/docs/api/java/util/Arrays.html#copyOfRange-T:A-int-int-
Cette version est correcte : la structuration et la navigation sont dans 2 classes séparées.
La classe MonBrin implémente Iterable au sens où elle peut générer à la demande un objet Iterator.
NB : Notez que j'implémente Iterable<Base> plutôt que Iterable qui n'était pas tout à fait propre
c'est un peu technique et c'est lié aux types génériques.
Il y a des détails ici
https://stackoverflow.com/questions/20790770/why-cant-i-assign-a-raw-type-to-a-parameterized-type-java?rq=1
*/
public class MonBrin implements Iterable<Base> {
/**
C'est le constructeur de base (pun intended) qui construit un brin à une base
@param b : la base
Ici je pourrais mettre un commentaire plus long sur le fonctionement détaillé de mon super constructeur.
*/
public MonBrin(Base b){
}
/**
C'est le constructeur évolué qui construit un brin en ajoutant la base donnée en argument devant le brin donné en argument.
@param b : la base qui va aller devant
@param l : le brin qui sera à la suite
NB. Ce constructeur est un peu obsolète avec la nouvelle structure interne.
On devrait en ajouter un qui prend en paramètre un tableau de bases.
*/
public MonBrin(Base b, MonBrin l){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public Base getBase(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public int length(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public int limit(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public int capacity(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public Base getBase(int i){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public Base[] getBases(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
/** Pour naviguer?
On implémente l'interface iterator de java.util ici
L'avantage c'est que c'est standard et tout le monde comprendra sans trop de mal comment la navigation fonctionne.
**/
@Override
public Iterator<Base> iterator() {
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
}

33
DEV3.4/TP4/stub/3IteratorDifferentInnerStructure/MonBrinIterator.java Normal file
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@@ -0,0 +1,33 @@
import java.util.Iterator;
import java.util.NoSuchElementException;
/**
MonBrinIterator
gère la navigation dans un Brin d'ADN
*/
public class MonBrinIterator implements Iterator<Base> {
//Le constructeur de base retourne un brin à une base;
public MonBrinIterator(MonBrin brin){
}
/** Pour naviguer?
On implémente l'interface iterable de java.util ici
L'avantage c'est que c'est standard et tout le monde comprendra sans trop de mal comment la navigation fonctionne.
**/
@Override
public boolean hasNext(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
@Override
public Base next() {
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
}