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Alexis WAMSTER
2023-11-20 13:22:30 +01:00
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4
DEV/DEV_Madelaine/TD4/0Bad/Base.java Normal file
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@@ -0,0 +1,4 @@
// juste un type énuméré pour nommer les bases
public enum Base {
A,C,G,T
}

31
DEV/DEV_Madelaine/TD4/0Bad/Exemple.java Normal file
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@@ -0,0 +1,31 @@
// Fichier Exemple pour le premier exercice sur l'ADN
public class Exemple{
public static void main(String[] args) {
// codon GCT code l'analine https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_codon_table
// stop codon TAG, voir https://en.wikipedia.org/wiki/Stop_codon
System.out.println("construction du brin GCTTAG");
MonMaillon l = new MonMaillon(Base.G);
l = new MonMaillon(Base.A,l);
l = new MonMaillon(Base.T,l);
l = new MonMaillon(Base.T,l);
l = new MonMaillon(Base.C,l);
l = new MonMaillon(Base.G,l);
MonBrin b = new MonBrin(l);
System.out.println("l'affichage par défaut du brin ne va pas vous plaire");
System.out.println(b.toString());
System.out.println("On peut afficher en avançant");
System.out.println("Il faut s'en inspirer pour implémenter l'interface iterator de Java.util");
MonMaillon actuel = b.getDebut();//NB: c'est comme l ci-dessus
while (actuel != null){
System.out.println(actuel.getBase());
actuel = actuel.getSuiteMaillon();
}
}
}

63
DEV/DEV_Madelaine/TD4/0Bad/MonBrin.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,63 @@
/**
MonBrin code un brin d'ADN sous forme de liste simplement chaînée.
Plusieurs instances de MonMaillon reliées convenablement forment une structure de liste simplement chaînée contenant pour chaque maillon le nom de la base.
On n'utilise pas java.util et on recode tout.
Cette version a un problème : la navigation n'est pas raisonnable
*/
public class MonBrin {
private MonMaillon debut;
private MonMaillon fin;
//Le constructeur fabrique un brin à partir du premier maillon p;
public MonBrin(MonMaillon p){
this.debut = p;
while (suivant=p.getSuiteMaillon() != null){
p = suivant;
}
this.fin = p;
}
public MonMaillon getDebut(){
return this.debut;
}
public MonMaillon getFin(){
return this.fin;
}
public void addDernier(MonMaillon dernier){
this.fin.setSuiteMaillon(dernier);
this.fin = dernier;
}
public void addPremier(MonMaillon premier){
premier.setSuiteMaillon(this.debut);
this.debut = premier;
}
public void removePremier(){
MonMaillon maillonASupprimer = this.debut;
this.debut = this.debut.getSuiteMaillon();
}
public void removeDernier(){ // pas efficace
MonMaillon current = this.debut;
while (suivant=current.getSuiteMaillon() != this.fin){
current = suivant;
}
current.setSuiteMaillon(null);
this.fin = current;
}
/** et pour naviguer?
On pourrait implémenter l'interface iterator de java.util ici
**/
}

41
DEV/DEV_Madelaine/TD4/0Bad/MonMaillon.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,41 @@
/**
MonMaillon code un maillon d'un brin d'ADN.
plusieurs instances reliées convenablement forment une structure de liste simplement chaînée contenant pour chaque maillon le nom de la base.
On n'utilise pas java.util et on recode tout.
*/
public class MonMaillon {
private MonMaillon suivant;
private Base valeur;
//Le constructeur de base retourne un brin à une base;
public MonMaillon(Base b){
this.valeur = b;
}
// Le constructeur évolué ajoute une base à un brin.
public MonMaillon(Base b, MonMaillon l){
this.valeur = b;
this.suivant = l;
}
public setBase(Base b){
this.valeur = b;
}
public setSuiteMaillon(MonMaillon l){
this.suivant = l;
}
public Base getBase(){
return this.valeur;
}
public MonMaillon getSuiteMaillon(){
return this.suivant;
}
}

4
DEV/DEV_Madelaine/TD4/1Iterable/Base.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,4 @@
// juste un type énuméré pour nommer les bases
public enum Base {
A,C,G,T
}

34
DEV/DEV_Madelaine/TD4/1Iterable/Exemple.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,34 @@
// Fichier Exemple pour le second exercice sur l'ADN
public class Exemple{
public static void main(String[] args) {
// codon GCT code l'analine https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_codon_table
// stop codon TAG, voir https://en.wikipedia.org/wiki/Stop_codon
System.out.println("construction du brin GCTTAG");
MonMaillon l = new MonMaillon(Base.G);
l = new MonMaillon(Base.A,l);
l = new MonMaillon(Base.T,l);
l = new MonMaillon(Base.T,l);
l = new MonMaillon(Base.C,l);
l = new MonMaillon(Base.G,l);
MonBrin b = new MonBrin(l);
System.out.println("l'affichage par défaut du brin ne va pas vous plaire");
System.out.println(b.toString());
System.out.println("On peut maintenant afficher en itérant avec un while comme ceci");
while (b.hasNext()){
System.out.println(b.next());
}
// ajouter du code ici pour gérer les questions en plus
// (simulation de plusieurs navigations successives)
// (simulation de plusieurs navigations simultanées)
}
}

42
DEV/DEV_Madelaine/TD4/1Iterable/MonBrin.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,42 @@
import java.util.Iterator;
import java.util.NoSuchElementException;
/**
MonBrin code un brin d'ADN sous forme de liste simplement chaînée.
Plusieurs instances de MonMaillon reliées convenablement forment une structure de liste simplement chaînée contenant pour chaque maillon le nom de la base.
On n'utilise pas java.util et on recode tout.
Cette version a un problème : la structuration et la navigation sont dans la même classe.
*/
public class MonBrin implements Iterator<Base>{
public MonBrin(MonMaillon p){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public MonMaillon getDebut(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
// rappel : on met @Override pour dire au compilateur qu'on veut surcharger (en particulier c'est le cas quand on implémente une interface)
// ce n'est pas nécessaire dans ce cas mais ça permet d'avoir des messages d'alerte si on se trompe (typo dans le nom de la méthode ...)
// voir https://stackoverflow.com/questions/94361/when-do-you-use-javas-override-annotation-and-why
@Override
public boolean hasNext(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
@Override
public Base next() {
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
throw new NoSuchElementException();
}
}

28
DEV/DEV_Madelaine/TD4/1Iterable/MonMaillon.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,28 @@
/**
MonMaillon code un maillon d'un brin d'ADN.
plusieurs instances reliées convenablement forment une structure de liste simplement chaînée contenant pour chaque maillon le nom de la base.
On n'utilise pas java.util et on recode tout.
*/
public class MonMaillon {
public MonMaillon(Base b){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public MonMaillon(Base b, MonMaillon l){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public Base getBase(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public MonMaillon getSuiteMaillon(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
}

4
DEV/DEV_Madelaine/TD4/2Iterator/Base.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,4 @@
// juste un type énuméré pour nommer les bases
public enum Base {
A,C,G,T
}

35
DEV/DEV_Madelaine/TD4/2Iterator/Exemple.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,35 @@
// Fichier Exemple pour le dernier exercice sur l'ADN (Iterable)
public class Exemple{
public static void main(String[] args) {
// codon GCT code l'analine https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_codon_table
// stop codon TAG, voir https://en.wikipedia.org/wiki/Stop_codon
System.out.println("construction du brin GCTTAG");
MonMaillon l = new MonMaillon(Base.G);
l = new MonMaillon(Base.A,l);
l = new MonMaillon(Base.T,l);
l = new MonMaillon(Base.T,l);
l = new MonMaillon(Base.C,l);
l = new MonMaillon(Base.G,l);
MonBrin m = new MonBrin(l);
System.out.println("l'affichage par défaut du brin ne va pas vous plaire");
System.out.println(m.toString());
System.out.println("On peut afficher en itérant avec forEach (une méthode proposée par Iterable, regardez la doc)");
m.forEach(b -> System.out.println(b));
System.out.println("On a découplé la navigation de la structuration en implémentant iterable plutôt que iterator. On peut maintenant naviguer 2 fois facilement, c'est vraiment trop fort.");
m.forEach(b -> System.out.println(b));
System.out.println("On peut même utiliser les boucles avancées de Java 8 et notre code en devient presque pythonesque");
for(Base b: m){
System.out.println(b);
}
}
}

37
DEV/DEV_Madelaine/TD4/2Iterator/MonBrin.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,37 @@
import java.util.Iterator;
import java.util.NoSuchElementException;
/**
MonBrin code un brin d'ADN sous forme de liste simplement chaînée.
Plusieurs instances de MonMaillon reliées convenablement forment une structure de liste simplement chaînée contenant pour chaque maillon le nom de la base.
On n'utilise pas java.util et on recode tout.
Cette version est correcte : la structuration et la navigation sont dans 2 classes séparées.
La classe MonBrin implémente Iterable au sens où elle peut générer à la demande un objet Iterator.
NB : Notez que j'implémente Iterable<Base> plutôt que Iterable qui n'était pas tout à fait propre
c'est un peu technique et c'est lié aux types génériques.
Il y a des détails ici
https://stackoverflow.com/questions/20790770/why-cant-i-assign-a-raw-type-to-a-parameterized-type-java?rq=1
*/
public class MonBrin implements Iterable<Base>{
public MonBrin(MonMaillon p){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public MonMaillon getDebut(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
/** Pour naviguer?
On implémente l'interface iterator de java.util ici
L'avantage c'est que c'est standard et tout le monde comprendra sans trop de mal comment la navigation fonctionne.
**/
@Override
public Iterator<Base> iterator() {
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
}

32
DEV/DEV_Madelaine/TD4/2Iterator/MonBrinIterator.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,32 @@
import java.util.Iterator;
import java.util.NoSuchElementException;
/**
MonBrinIterator
gère la navigation dans un Brin d'ADN
*/
public class MonBrinIterator implements Iterator<Base> {
public MonBrinIterator(MonMaillon m){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
/** Pour naviguer?
On implémente l'interface iterable de java.util ici
L'avantage c'est que c'est standard et tout le monde comprendra sans trop de mal comment la navogation fonctionne.
**/
@Override
public boolean hasNext(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
@Override
public Base next() {
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
}

29
DEV/DEV_Madelaine/TD4/2Iterator/MonMaillon.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,29 @@
/**
MonMaillon code un maillon d'un brin d'ADN.
plusieurs instances reliées convenablement forment une structure de liste simplement chaînée contenant pour chaque maillon le nom de la base.
On n'utilise pas java.util et on recode tout.
*/
public class MonMaillon {
//Le constructeur de base retourne un brin à une base;
public MonMaillon(Base b){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
// Le constructeur évolué ajoute une base à un brin.
public MonMaillon(Base b, MonMaillon l){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public Base getBase(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public MonMaillon getSuiteMaillon(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
}

4
DEV/DEV_Madelaine/TD4/3IteratorDifferentInnerStructure/Base.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,4 @@
// juste un type énuméré pour nommer les bases
public enum Base {
A,C,G,T
}

58
DEV/DEV_Madelaine/TD4/3IteratorDifferentInnerStructure/Exemple.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,58 @@
// Fichier Exemple pour le dernier exercice sur l'ADN (Iterable)
public class Exemple{
public static void main(String[] args) {
// codon GCT code l'analine https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_codon_table
// codon CAT code Histidine
// codon CGT code Arginine
// codon GCC code Analine
// stop codon TAG, voir https://en.wikipedia.org/wiki/Stop_codon
System.out.println("construction du brin CGT CAT CGT GCC CAT GCT TAG");
MonBrin l = new MonBrin(Base.G);
l = new MonBrin(Base.A,l);
l = new MonBrin(Base.T,l);
//
l = new MonBrin(Base.T,l);
l = new MonBrin(Base.C,l);
l = new MonBrin(Base.G,l);
//
l = new MonBrin(Base.T,l);
l = new MonBrin(Base.A,l);
l = new MonBrin(Base.C,l);
//
l = new MonBrin(Base.C,l);
l = new MonBrin(Base.C,l);
l = new MonBrin(Base.G,l);
//
l = new MonBrin(Base.T,l);
l = new MonBrin(Base.G,l);
l = new MonBrin(Base.C,l);
//
l = new MonBrin(Base.T,l);
l = new MonBrin(Base.A,l);
l = new MonBrin(Base.C,l);
//
l = new MonBrin(Base.T,l);
l = new MonBrin(Base.G,l);
l = new MonBrin(Base.C,l);
//
System.out.println("l'affichage par défaut ne va toujours pas vous plaire");
System.out.println(l.toString());
System.out.println("On peut afficher en itérant avec forEach (une méthode proposée par Iterable, regardez la doc)");
l.forEach(b -> System.out.println(b));
System.out.println("On a découplé la navigation de la structuration en implémentant iterable plutôt que iterator. On peut maintenant naviguer 2 fois facilement, c'est vraiment trop fort.");
l.forEach(b -> System.out.println(b));
System.out.println("On peut même utiliser les boucles avancées de Java 8 et notre code en devient presque pythonesque");
for(Base b: l){
System.out.println(b);
}
}
}

83
DEV/DEV_Madelaine/TD4/3IteratorDifferentInnerStructure/MonBrin.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,83 @@
import java.util.Iterator;
import java.util.NoSuchElementException;
/**
MonBrin code un brin d'ADN sous forme de tableaux. Dynamiquement, la taille du tableau est augmentée en cas de besoin (la taille est initialement 3*4 elle est multipliée ensuite pour être toujours de la forme 3*2^n).
On utilise System.arraycopy et java.util.Arrays.copyOfRange pour faire ça efficacement.
voir
https://docs.oracle.com/javase/8/docs/api/java/lang/System.html#arraycopy-java.lang.Object-int-java.lang.Object-int-int-
https://docs.oracle.com/javase/8/docs/api/java/util/Arrays.html#copyOfRange-T:A-int-int-
Cette version est correcte : la structuration et la navigation sont dans 2 classes séparées.
La classe MonBrin implémente Iterable au sens où elle peut générer à la demande un objet Iterator.
NB : Notez que j'implémente Iterable<Base> plutôt que Iterable qui n'était pas tout à fait propre
c'est un peu technique et c'est lié aux types génériques.
Il y a des détails ici
https://stackoverflow.com/questions/20790770/why-cant-i-assign-a-raw-type-to-a-parameterized-type-java?rq=1
*/
public class MonBrin implements Iterable<Base> {
/**
C'est le constructeur de base (pun intended) qui construit un brin à une base
@param b : la base
Ici je pourrais mettre un commentaire plus long sur le fonctionement détaillé de mon super constructeur.
*/
public MonBrin(Base b){
}
/**
C'est le constructeur évolué qui construit un brin en ajoutant la base donnée en argument devant le brin donné en argument.
@param b : la base qui va aller devant
@param l : le brin qui sera à la suite
NB. Ce constructeur est un peu obsolète avec la nouvelle structure interne.
On devrait en ajouter un qui prend en paramètre un tableau de bases.
*/
public MonBrin(Base b, MonBrin l){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public Base getBase(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public int length(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public int limit(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public int capacity(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public Base getBase(int i){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
public Base[] getBases(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
/** Pour naviguer?
On implémente l'interface iterator de java.util ici
L'avantage c'est que c'est standard et tout le monde comprendra sans trop de mal comment la navigation fonctionne.
**/
@Override
public Iterator<Base> iterator() {
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
}

33
DEV/DEV_Madelaine/TD4/3IteratorDifferentInnerStructure/MonBrinIterator.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,33 @@
import java.util.Iterator;
import java.util.NoSuchElementException;
/**
MonBrinIterator
gère la navigation dans un Brin d'ADN
*/
public class MonBrinIterator implements Iterator<Base> {
//Le constructeur de base retourne un brin à une base;
public MonBrinIterator(MonBrin brin){
}
/** Pour naviguer?
On implémente l'interface iterable de java.util ici
L'avantage c'est que c'est standard et tout le monde comprendra sans trop de mal comment la navigation fonctionne.
**/
@Override
public boolean hasNext(){
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
@Override
public Base next() {
throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
}
}

20
DEV/DEV_Madelaine/TD4/explication.txt Normal file
View File

@@ -0,0 +1,20 @@
Les biologistes sont des gens étranges pour lesquels les string n'ont que 4 lettres : A,C,G ou T.
Ils ne connaissent pas les String, ils parlent d'ADN.
Le Brin est une succession de Maillons.
Il suffit de connaître le premier maillon pour définir un brin d'ADN.
+----------+
| maillon |
| | _____ next __> autre Maillon
| |
+----+-----+
|
| val
\|/
+----------+
| Base |
| A |
| |
+----+-----+

62
DEV/DEV_Madelaine/TD4/stub/0Bad/MonBrin.java Normal file
View File

@@ -0,0 +1,62 @@
/**
MonBrin code un brin d'ADN sous forme de liste simplement chaînée.
Plusieurs instances de MonMaillon reliées convenablement forment une structure de liste simplement chaînée contenant pour chaque maillon le nom de la base.
On n'utilise pas java.util et on recode tout.
Cette version a un problème : la navigation n'est pas raisonnable
*/
public class MonBrin {
private MonMaillon debut;
private MonMaillon fin;
//Le constructeur fabrique un brin à partir du premier maillon p;
public MonBrin(MonMaillon p){
this.debut = p;
while (suivant=p.getSuiteMaillon() != null){
p = suivant;
}
this.fin = p;
}
public MonMaillon getDebut(){
return this.debut;
}
public MonMaillon getFin(){
return this.fin;
}
public void addDernier(MonMaillon dernier){
this.fin.setSuiteMaillon(dernier);
this.fin = dernier;
}
public void addPremier(MonMaillon premier){
premier.setSuiteMaillon(this.debut);
this.debut = premier;
}
public void removePremier(){
MonMaillon maillonASupprimer = this.debut;
this.debut = this.debut.getSuiteMaillon();
}
public void removeDernier(){
MonMaillon current = this.debut;
while (suivant=current.getSuiteMaillon() != this.fin){
current = suivant;
}
this.fin = this.debut.getSuiteMaillon();
}
/** et pour naviguer?
On pourrait implémenter l'interface iterator de java.util ici
**/
}