MAJ

TP4/Exemple.java

@@ -1,21 +0,0 @@
-public class Exemple {
-    public static void main(String[] args) {
-
-        MonBrin brin = new MonBrin();
-
-        brin.ajouterFin(Base.G);
-        brin.ajouterFin(Base.C);
-        brin.ajouterFin(Base.T);
-        brin.ajouterFin(Base.T);
-        brin.ajouterFin(Base.A);
-        brin.ajouterFin(Base.G);
-
-        System.out.println(brin); // gcttag
-
-        
-        Iterator<Base> it = brin.iterator();
-        while(it.hasNext()) {
-            System.out.println(it.next());
-        }
-    }
-}

TP4/Exo0/Exemple.java

@@ -0,0 +1,29 @@
+
+public class Exemple{
+    public static void main(String[] args) {
+        // codon GCT code l'analine https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_codon_table
+        // stop codon TAG, voir https://en.wikipedia.org/wiki/Stop_codon
+        
+        System.out.println("construction du brin GCTTAG");
+        MonMaillon l = new MonMaillon(Base.G);
+        l = new MonMaillon(Base.A,l);
+        l = new MonMaillon(Base.T,l);
+        l = new MonMaillon(Base.T,l);
+        l = new MonMaillon(Base.C,l);
+        l = new MonMaillon(Base.G,l);
+
+        MonBrin b = new MonBrin(l);
+        
+        System.out.println("l'affichage par défaut du brin ne va pas vous plaire");
+        System.out.println(b.toString());
+        
+        System.out.println("Affichage en parcourant les éléments un par un");
+        System.out.println("Utilisez cette logique pour implémenter l'interface Iterator de java.util");
+        MonMaillon actuel = b.getDebut();
+        
+        while (actuel != null){
+            System.out.println(actuel.getBase());
+            actuel = actuel.getApresMaillon();
+        }
+    }
+}

TP4/Exo0/MonBrin.java

@@ -0,0 +1,27 @@
+public class MonBrin {
+    // Attribut privé qui représente le début du brin (chaîne de maillons)
+    private MonMaillon debut;
+
+    /**
+     * Constructeur de la classe MonBrin.
+     * Ce constructeur initialise un brin à partir du premier maillon donné en paramètre.
+     * 
+     * @param p Le premier maillon du brin
+     */
+    public MonBrin(MonMaillon p) {
+        // Associe le maillon donné au début du brin
+        this.debut = p;
+        // throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
+    }
+
+    /**
+     * Méthode getter pour obtenir le premier maillon du brin.
+     * 
+     * @return Le maillon qui représente le début du brin
+     */
+    public MonMaillon getDebut() {
+        // Retourne le maillon stocké dans l'attribut debut
+        return this.debut;
+        // throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
+    }
+}

TP4/Exo0/MonMaillon.java

@@ -0,0 +1,30 @@
+
+public class MonMaillon {
+    private Base valeur;
+    private MonMaillon suivant;
+    //Le constructeur de base retourne un brin à une base;
+    public MonMaillon(Base b){
+            this.valeur = b;
+        //throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
+    }
+
+    // Le constructeur évolué ajoute une base à un brin.
+    public MonMaillon(Base b, MonMaillon l){
+        this.valeur = b;
+        this.suivant = l;
+        //throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
+    }
+
+    public Base getBase(){
+        return this.valeur;
+        //throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
+    }
+
+    public MonMaillon getApresMaillon(){
+        return this.suivant;
+        //throw new UnsupportedOperationException("cette méthode n'est pas implémentée");
+    }
+    
+}
+
+

TP4/Exo1/1Iterable/Base.java

@@ -0,0 +1,4 @@
+// juste un type énuméré pour nommer les bases
+public enum Base {
+    A,C,G,T
+}

TP4/Exo1/1Iterable/Exemple.java

@@ -0,0 +1,47 @@
+// Fichier Exemple pour le second exercice sur l'ADN
+
+public class Exemple {
+    public static void main(String[] args) {
+        // codon GCT code l'analine https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_codon_table
+        // stop codon TAG, voir https://en.wikipedia.org/wiki/Stop_codon
+
+        System.out.println("construction du brin GCTTAG");
+        MonMaillon l = new MonMaillon(Base.G);
+        l = new MonMaillon(Base.A, l);
+        l = new MonMaillon(Base.T, l);
+        l = new MonMaillon(Base.T, l);
+        l = new MonMaillon(Base.C, l);
+        l = new MonMaillon(Base.G, l);
+
+        MonBrin b = new MonBrin(l);
+
+        System.out.println("l'affichage par défaut du brin ne va pas vous plaire");
+        System.out.println(b.toString());
+
+        System.out.println("On peut maintenant afficher en itérant avec un while comme ceci");
+
+        while (b.hasNext()) {
+            System.out.println(b.next());
+        }
+
+        // Simulation de plusieurs navigations successives
+        System.out.println("Navigation successive avec l'index secondaire :");
+        while (b.hasNextSecondaire()) {
+            System.out.println(b.nextSecondaire());
+        }
+
+        System.out.println("Navigation successive avec l'index tertiaire :");
+        while (b.hasNextTertiaire()) {
+            System.out.println(b.nextTertiaire());
+        }
+
+        // Simulation de plusieurs navigations simultanées
+        System.out.println("Navigation simultanée :");
+        if (b.hasNextSecondaire())
+            System.out.println("Secondaire: " + b.nextSecondaire());
+        if (b.hasNextTertiaire())
+            System.out.println("Tertiaire: " + b.nextTertiaire());
+        if (b.hasNextSecondaire())
+            System.out.println("Secondaire: " + b.nextSecondaire());
+    }
+}

TP4/Exo1/1Iterable/MonBrin.java

@@ -0,0 +1,72 @@
+import java.util.Iterator;
+import java.util.NoSuchElementException;
+/** 
+    MonBrin code un brin d'ADN sous forme de liste simplement chaînée.
+
+    Plusieurs instances de MonMaillon reliées convenablement forment une structure de liste simplement chaînée contenant pour chaque maillon le nom de la base.
+
+    On n'utilise pas java.util et on recode tout.
+
+    Cette version a un problème : la structuration et la navigation sont dans la même classe.
+*/
+public class MonBrin implements Iterator<Base>{
+
+    private MonMaillon premier;
+    private MonMaillon index;
+    /**
+     * Autres index pour d'autres personnes qui naviguent
+     */
+    private MonMaillon secondaire;
+    private MonMaillon tertiaire;
+
+    //Le constructeur fabrique un brin à partir du premier maillon p;
+    public MonBrin(MonMaillon p){
+        this.premier = p;
+        this.index = p;
+        this.secondaire = p;
+        this.tertiaire = p;
+    }
+
+    public MonMaillon getDebut(){
+        return this.premier;    
+    }
+    
+    @Override
+    public boolean hasNext(){
+        return index != null;
+    }
+
+    @Override
+    public Base next() {
+        if(this.index == null) throw new NoSuchElementException();
+
+        Base b = index.getBase();
+        index = index.getSuiteMaillon();
+        return b;
+    }
+
+    public boolean hasNextSecondaire(){
+        return secondaire != null;
+    }
+
+    public Base nextSecondaire() {
+        if(this.secondaire == null) throw new NoSuchElementException();
+
+        Base b = secondaire.getBase();
+        secondaire = secondaire.getSuiteMaillon();
+        return b;
+    }
+
+    public boolean hasNextTertiaire(){
+        return tertiaire != null;
+    }
+
+    public Base nextTertiaire() {
+        if(this.tertiaire == null) throw new NoSuchElementException();
+
+        Base b = tertiaire.getBase();
+        tertiaire = tertiaire.getSuiteMaillon();
+        return b;
+    }
+
+}

TP4/Exo1/1Iterable/MonMaillon.java

@@ -0,0 +1,31 @@
+/**
+ * La classe MonMaillon représente un élément d'une chaîne d'ADN.
+ * Chaque maillon contient une base et une référence au maillon suivant.
+ */
+public class MonMaillon {
+
+    private Base contenu;
+    private MonMaillon suivant;
+
+    // Constructeur pour créer un maillon avec une seule base.
+    public MonMaillon(Base base) {
+        contenu = base;
+        suivant = null;
+    }
+
+    // Constructeur pour créer un maillon et le relier à un autre maillon.
+    public MonMaillon(Base base, MonMaillon prochain) {
+        contenu = base;
+        suivant = prochain;
+    }
+
+    // Retourne la base contenue dans ce maillon.
+    public Base obtenirBase() {
+        return contenu;
+    }
+
+    // Retourne le maillon suivant dans la chaîne.
+    public MonMaillon obtenirSuivant() {
+        return suivant;
+    }
+}

TP4/MonBrin.java

@@ -1,48 +0,0 @@
-public class MonBrin {
-    private MonMaillon head;
-
-    public MonBrin() {
-        this.head = null;
-    }
-
-    // Ajouter une base au début du brin
-    public void ajouterDebut(Base b) {
-        head = new MonMaillon(b, head);
-    }
-
-    // Ajouter une base à la fin du brin
-    public void ajouterFin(Base b) {
-        if (head == null) {
-            head = new MonMaillon(b, null);
-            return;
-        }
-
-        MonMaillon courant = head;
-        while (courant.getNext() != null) {
-            courant = courant.getNext();
-        }
-
-        courant.setNext(new MonMaillon(b, null));
-    }
-
-    public MonMaillon getHead() {
-        return head;
-    }
-
-    // Fournir un itérateur maison
-    public Iterator<Base> iterator() {
-        return new MonBrinIterator(this.head);
-    }
-
-    // Pour affichage du brin entier
-    @Override
-    public String toString() {
-        String s = "";
-        MonMaillon courant = head;
-        while (courant != null) {
-            s += courant.getBase().toString();
-            courant = courant.getNext();
-        }
-        return s.toLowerCase(); // affiche : gcttag
-    }
-}

TP4/MonMaillon.java

@@ -1,21 +0,0 @@
-public class MonMaillon {
-    private Base base;
-    private MonMaillon next;
-
-    public MonMaillon(Base b, MonMaillon suivant) {
-        this.base = b;
-        this.next = suivant;
-    }
-
-    public Base getBase() {
-        return base;
-    }
-
-    public MonMaillon getNext() {
-        return next;
-    }
-
-    public void setNext(MonMaillon n) {
-        this.next = n;
-    }
-}